20 anos após os eventos do terceiro filme, Neo vive sua antiga vida de Thomas Anderson - o famoso game designer e criador da trilogia de jogos cult "The Matrix". Por causa de sua saúde mental instável, ele vai a um psicoterapeuta que prescreve pílulas azuis para ele e, um dia, no café Simulatte, ele fala com uma mulher chamada Tiffany, que lembra muito Trinity, a heroína do jogo que ele criou. Em breve a vida medida do Sr. Anderson chegará ao fim e Neo terá que se lembrar para o que foi escolhido.